拍照與分析
一、目前切片分析使用的分析軟件：
① Image-Pro Plus 6.0（Media Cybemetics,INC.,Rockville,MD,USA），分析格式：顯微鏡拍攝或者掃描文件上截取的單張圖片（jpg格式）。
② 3D Histech Quant Center2.1 (3D Histech, Hungary)，分析格式：3D Histech 掃描儀掃描的文件。
③ Halo2.32（Indica labs，USA），分析格式：不同廠家的掃描文件3D Histech(MRXS)；萊卡(SCN, LIF)；蔡司(CZI)；奧林巴斯(VSI)；Aperio(SVS,AFI)；Ventana(BIF)；Hamamatsu(NDPI, NDPIS)）；共聚焦nd2格式圖片；明場tiff，jpg格式照片；PE（Perkin Elmer）公司的熒光多色可拆分Tiff格式照片。
二、分析內容（如有除以下外其它分析要求可直接咨詢）
1、組化/熒光分析【價格：組化/熒光普通切片20元/項/指標/切片（掃描是分析整張切片或一個特定區域，拍照是分析每張切片中3張照片）；芯片組化掃描結果分析200元/項/芯片（對每個點獨立分析，總點數小于200個點）；芯片熒光掃描結果分析500元/項/指標/芯片（對每個點獨立分析，總點數小于200個點）；芯片分析中如果要對每個點中特定區域單獨分析，需提前說明，根據要求會加做組織分型或者人為圈定等工作，根據實際難易程度收取相關費用】
□面密度, IOD/待測區域組織面積（IPP）:同時測量陽性的IOD累積光密度值和待測量區域組織面積。
反應陽性多少和深淺，數值越大陽性越強。一般只在圖片視野的分析中采用此項，全片掃描分析不采用。優點既考慮了陽性的面積以及陽性的深淺，以及視野中待測組織不充滿整個視野的也不受到影響。
□陽性率，陽性細胞數/總細胞數（IPP/HALO）：分析陽性細胞數占總細胞數的比率，反應陽性細胞數量比率。分析軟件無法區分不同細胞類型，計算的是視野中或者掃描全片中所有的陽性細胞和總細胞數量以及占比。所以此項適用于細胞類型較單一的情況。比如腫瘤組織中Tunel分析凋亡的腫瘤細胞比率，脾臟組織內CD3陽性T細胞比率。
□陽性細胞密度，陽性細胞數/待測區域組織面積（IPP/HALO）：分析陽性細胞數以及待測區域組織面積之比，反應單位面積內陽性細胞個數。比如肝組織中某類炎性細胞占比，代表性指標CD3、CD68等。此項適用于復雜細胞類型的時候，比較陽性細胞多少，常用于浸潤型的炎癥細胞中。
□陽性強度，各陽性點顏色深淺的平均值（HALO）：反應整張片子或者某個區域陽性的平均深淺度。明場為平均光密度（average optical density），熒光為平均強度（average intensity），數值越大陽性越強。適用性廣，由于沒有考慮陽性面積，在極端情況下，陽性點極少顏色都深時數據較大，陽性點極多但顏色淺時數據較小。可以結合陽性面積一起評價。
□陽性面積比，陽性面積/待測區域組織面積（IPP/HALO）：應用較少，不考慮陽性深染帶來的影響，單純的比較陽性面積占比。
□MVD，微血管數量/視野（IPP）：CD31、CD34微血管密度分析，測量單位面積內微血管數量。此項只在圖片視野的分析中采用此項，全片掃描分析不采用。
□0-12評分：實驗員在顯微鏡下或者掃描文件對免疫組化切片中的染色程度（0-3分）以及陽性率（0-4分）分別評分后相乘得到綜合評分（0-12分）。具體如下，染色強度以目的細胞呈現染色特性計分：無著色為0分，淡黃色為1分，棕黃色為2分，棕褐色為3分，如下圖所示。以細胞陽性比率進行評分：0～5%為0分，6%～25%為1分，26%～50%為2分，51%～75%為3分，>75%為4分。綜合評分可用于劃分陽性高低，便于統計，常用于癌和癌旁的生存分析中。
□H-Score，0-300分（3D）：使用3D掃描儀配套的分析軟件Quant center對陽性深淺和多少進行打分，只能對DAB顯色的棕黃色定量，數值越大陽性越強。H-SCORE=∑（PI×I）=（percentage of cells of weak intensity ×1)+(percentage of cells of moderate intensity ×2)+percentage of cells of strong intensity ×3),式中pi表示陽性細胞數量占切片中所有細胞數量的百分數；i代表著色強度。適用性廣，掃描切片或芯片均可。
□熒光多標共定位分析（HALO）：測量整張片子或者指定區域多種指標單獨通道的數據以及共定位的細胞數量以及比率（或者共定位面積以及比率，選其一）。
不同細胞空間距離分析（HALO）：主要用來研究腫瘤微環境，炎性細胞和腫瘤細胞之間的距離關系等。
□分析一種顏色標記的細胞周圍多少微米范圍之內另外一種顏色標記的細胞數量；
□測量不同顏色標記細胞之間的距離；
□以某處為界（如腫瘤壞死區邊界，或者CD31標記的陽性血管）分析多少微米范圍之內不同顏色標記的細胞數量（腫瘤CD3,CD4,CD8炎性細胞浸潤分析較多）
2、病理分析 【價格：40元/切片（一張切片上一種組織為一個樣）】
顯微鏡下觀察切片或電腦瀏覽掃描文件，對該切片常見的病理改變如炎癥、壞死、變性、增生以及纖維化等情況文字描述，并反映出片子之間的差異。報告大致分為四種類型。
□病理描述：每張切片提供相應典型視野圖片，描述病理變化，并在word文檔中用不同顏色箭頭標注不同典型病變特征。適用于分組較少，每組片子數量較少的客戶，不需要評分或者無評分標準的客戶。
□病理評分：每張切片進行不同病變方面病理評分（評分標準需提前提供，某些評分會需要提供相應特殊染色切片），按分組提供相應典型視野圖片，描述該組主要病理變化，在word文檔中用不同顏色箭頭標注不同典型病變特征。適用于分組較多，每組片子較多的客戶。
□病理診斷：需要填寫送樣單，并提供實驗的相關信息，大體圖片等相關信息。給出具體判斷結果。適用于動物腫瘤定性，家禽疾病等。
□病理檢查報告：需要填寫送樣單，并提供分析方案以及實驗的相關信息，大體圖片，整體費用增加30%。簽正式合同，保密協議等，從取材包埋開始均由本公司完成，結果出具正式報告，代表性圖，統計結果，結論，原始結果等，并由獸醫病理學博士、動物病理學家簽字，附帶資質證明。主要適用毒性安全評價或者CRO項目等。
3、形態測量分析【價格：每一小項單價20元/樣（根據不同內容提供3-5個數據）；同時測量幾個參數時，第一項20元/樣，其他項10元/樣】
HE染色中測量各類結構長、寬、面積、數量以及密度等常規數據。
腸：□小腸絨毛高度；□小腸絨毛寬度；□小腸隱窩深度；□單位面積內隱窩數量；□大腸腸腺深度；□腸粘膜層厚度；□腸肌層厚度；□腸壁總厚度；
肺：□肺小動脈血管管腔面積；□肺小動脈血管直徑；□肺小動脈血管壁厚平均厚度；□單位視野內肺泡數NA；□單位視野內肺實質面積PA；□單位視野內肺泡間隔數NS；□支氣管基底周徑Pbm；□支氣管腔面積；□支氣管總管壁面積WAt；□支氣管內壁面積WAi；□支氣管平滑肌面積WAm。
卵巢：□卵巢面積；□初級卵泡數量；□次級卵泡數量；□竇狀卵泡數量；□成熟卵泡數量；□黃體數量；□白體數量。該分析為掃描后整個卵巢切片計數。
皮膚：□單位面積內毛囊數量；□表皮厚度；□真皮厚度；□損傷深度；□損傷寬度。
血管：□血管面積；□血管直徑；□管腔面積；□管腔直徑；□內膜增生面積；□中膜厚度；□斑塊面積。
腦：□海馬單位面積錐體細胞數量；□腦室面積。
睪丸：□生精小管長短徑；□生精小管周長；□生精小管面積；□單位視野間質細胞數量。
心：□橫切心肌細胞面積；□橫切心肌細胞直徑；□橫切心肌細胞密度；□心室壁厚度；□心腔面積。
腎：□腎小球面積；□腎小球內細胞數量。
肌肉：□橫切肌纖維平均面積；□橫切肌纖維直徑；□橫切肌纖維密度。
脂肪：□脂肪細胞平均面積；□脂肪細胞直徑；□單位面積內脂肪細胞數量。
特殊染色中主要分析陽性面積以及占比或視野內陽性細胞個數
Masson：□膠原纖維面積/待測區域組織面積（HALO/IPP）；□膠原纖維IOD值（IPP）。
Sirius red：□膠原纖維面積/待測區域組織面積（HALO/IPP）；□偏振光下I型與III型膠原面積比率（IPP）。
油紅O：□脂滴面積/待測區域組織面積（HALO/IPP）。
甲苯胺藍（IPP）：□單位視野內肥大細胞密度；□半薄切片髓鞘直徑；□半薄切片髓鞘厚度。
Trap（IPP）：□單位骨小梁長度上破骨細胞數量。
PAS（IPP）：□單位絨毛長度上杯狀細胞數量；□腎小球基質PAS陽性面積/腎小球面積。
ATP（IPP）：□單位面積內Ⅰ型和Ⅱ型肌纖維數量。
高爾基（IPP）：□樹突與同心圓交點數，單位長度上樹突棘密度（1000倍）【拍照：60元/3個視野包含200×和1000×圖片；分析：60元/3個視野】。
TTC（IPP）：□梗死區陽性面積/待測區域組織面積
主動脈大體油紅（IPP）：□脂肪斑塊陽性面積/血管組織面積。
Goldner（IPP）骨質疏松相關：□總組織面積T.Ar；□骨小梁面積Tb.Ar；□骨小梁周長Tb.Pm；□骨小梁面積百分比Tb.Ar；□骨小梁厚度Tb.Th；□骨小梁數目Tb.N；□骨小梁分離度Tb.Sp。
番紅固綠（IPP）：
植物根：□根面積；□根直徑；□外皮層厚度；□皮層細胞厚度；□內皮層細胞厚度；□中柱面積；□單位面積內導管數量；□中柱內木質部面積占比。
植物葉：□葉片厚度；□葉肉厚度；□角質層厚度；□上表皮細胞厚度；□下表皮細胞厚度；□柵欄組織厚度；□海綿組織厚度；□泡狀細胞數量；□單位長度內葉脈數量；□中脈中心厚度。
植物果實：□角質層厚度；□表皮厚度；□亞表皮厚度；□表皮細胞平均面積；□亞表皮細胞平均面積；□表皮細胞長寬；□亞表皮細胞長寬；□果肉細胞平均面積。