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WB條帶大小和蛋白預測八字不合?先檢查這5點!
實驗室玄學千千萬，預測和結果不符占一半。
WB實驗是各位同學們，時常光顧的一個實驗。但就是這樣一個初級又常用的實驗，卻會出現各種稀奇古怪的問題。比如在WB實驗鑒定蛋白時，我們得到的蛋白質條帶大小常常會和預測值有所偏差。這是身患“強迫癥”的同學們不能忍的。如果是實驗出錯或者預測不準這種情況，小編是沒辦法跳出手機屏幕救你了。但這下面的 5 條準則，同學們倒是可以珍藏一下，在遇到蛋白質條帶大小和預測值偏差的時候，拿出來分析一下。
一、內源性蛋白or重組蛋白
查問題要從源頭查起，所以各位艾粉們要先看一看樣品是內源性蛋白還是重組蛋白?
如果是內源性蛋白還不打緊，如果是重組蛋白，那么馬上就要看一看重組蛋白是否為全長序列了。假如樣品是重組蛋白，還不是全長序列，那么條帶大小一定會和預測大小不一致。
二、多個 isoform 辨仔細
如果確定了樣品是內源蛋白，那就要看看我們的目標蛋白是不是有其他的 isoform，這個我們通常會去查看 NCBI 或者 SWISSPROT 來確認。
三、剪切活化要注意
如果在 SWISSPROT 或者權威的文獻里提到了，樣品的這個蛋白需要剪切活化，那么結果又要和預測值不同啦。
四、成倍增長多聚體
如果蛋白大小和預測值有明顯倍數關系，那就要考慮一下這個蛋白是不是二聚體或者多聚體啦。
五、蛋白修飾要變大
如果排除了以上 4 條原因，預測值和實驗結果不一致，那就是因為我們面對的蛋白質，是個善變的對象，它不僅會剪切活化，還有在翻譯表達后修飾。比如：比如甲基化、乙酰化、磷酸化、糖基化、烷基化、生物素化、谷氨酸化、甘氨酸化、硫酸化、異戊二烯化、硫辛酸化、磷酸泛酰巰基乙胺基化……。在不同狀態下的蛋白質還會有不同的修飾。加入了官能團肯定會讓蛋白質比預測值偏大。在日常的實驗中，糖基化是比較常見的修飾，一般會導致跑出來的條帶比預測值大那么一些。
總結：
1.確定蛋白是內源的還是外源的，如果是外源蛋白是不是全長序列;
2.SWISSPROT 數據庫查詢該蛋白是否有其他 isoform;
3.SWISSPROT 和文獻查詢蛋白質是否有剪切活化，剪切活化造成蛋白變小;
4.確定蛋白質是否是二聚體或多聚體。
5.NCBI 和 SWISSPROT 查詢蛋白質表達后是否有修飾，如有修飾會導致蛋白質增大;
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